Para facilitar su manejo el Refugio ha sido dividido en cuatro zonas: una zona primitiva, una zona de recuperación, una zona de aprovechamiento sostenible y una zona de uso extensivo. En cada una de estas zonas se tienen regulaciones especiales y se permite cierto tipo de actividades de acuerdo con las características ambientales particulares. Todas las actividades que se realizan en el refugio se rigen por medio de un Plan de Manejo aprobado por el Consejo Nacional de Áreas Protegidas -CONAP-.
Para la administración de este Refugio de Vida Silvestre, contamos con una oficina en El Estor, Izabal. Esta es la base de operaciones para un equipo de trabajo que se encarga de la gestión de recursos, administración y monitoreo del área. En el área funciona la Estación Científica Selempim, la cual cuenta con facilidades para albergar a investigadores y turistas con interés en visitar la región.
Desde sus inicios como área protegida, Bocas del Polochic se ha destacado como un área con un gran potencial para el ecoturismo. Su abundante diversidad y sus grandes concentraciones de aves lo convierten en un sitio predilecto de los observadores de aves. Sus ecosistemas acuáticos ofrecen una infinidad de opciones para hacer turismo en embarcaciones convencionales o en los tradicionales “cayucos” de los pobladores locales. En este sentido, hemos promovido y capacitado a los pobladores para brindar servicios como guías turísticos, proveedores de alimentos y elaboración de artesanías.
A la fecha, se cuenta con dos sitios donde se prestan servicios ecoturísticos: la estación Selempim, manejada por Defensores de la Naturaleza y el hostal Chapín Abajo, manejado por la comunidad del mismo nombre. Ambos sitios ofrecen cómodas instalaciones para los visitantes y una experiencia única de contacto con el medio ambiente.